대법원, 적격합병 이월결손금 공제 한도 산정 기준 제시

대법원이 적격합병으로 넘겨받은 이월결손금의 법인세 공제 한도를 합병법인 전체 소득이 아니라 피합병법인에서 승계한 사업의 소득을 기준으로 정해야 한다고 판단했다. 승계 사업에서 발생한 소득에 사업연도별 한도 비율을 적용하라는 취지다.

대법원은 16일 지류 제조·가공·판매업 등을 하는 법인이 제기한 법인세 정정 거부 처분 취소 소송에서 상고를 기각했다. 합병법인이 승계한 이월결손금의 공제 범위를 어떻게 계산할지가 쟁점이었다.

이번 판단은 적격합병 요건을 충족한 경우에 적용된다. 합병법인이 피합병법인의 이월결손금을 이어받았더라도, 공제 한도를 계산할 때는 피합병법인이 하던 사업에서 발생한 소득을 별도로 따져야 한다는 것이다.

대법원은 이월결손금의 승계와 공제 한도 산정을 같은 범위로 볼 수 없다고 봤다. 결손금이 승계됐다는 사정만으로 합병법인의 모든 소득을 공제 한도 계산에 넣을 수는 없다는 판단이다.

법원이 제시한 방식은 피합병법인으로부터 승계한 사업의 소득금액에 당시 법이 정한 공제 한도 비율을 곱해 상한을 정하는 것이다. 합병 뒤 하나의 법인이 됐더라도, 이 기준에서 보는 소득은 승계 사업이 만들어 낸 범위에 한정된다.

반대로 합병법인과 피합병법인의 소득을 구분하지 않은 채 합병법인 전체의 소득금액에 비율을 적용하는 산정 방식은 인정되지 않았다. 승계 사업 소득과 합병법인의 다른 소득을 합산해 공제 상한을 정할 수 없다는 뜻이다.

대법원 판결문에 따르면 피합병법인에서 넘겨받은 사업의 소득은 2018사업연도 162억4866만원, 2019사업연도 174억5890만원이었다. 이월결손금 공제 한도 비율은 각각 70%, 60%가 적용됐다.

대법원은 당시 법인세법과 시행령의 관련 조항을 함께 해석했다. 조문에 담긴 내용과 규정의 구조, 제도 취지를 종합해 이 같은 계산 기준을 제시했다.