대법원, 비영리법인 준비금 비용처리 소급철회 불가 판결

대법원이 비영리 내국법인이 고유목적사업준비금을 세무상 비용으로 처리한 뒤 이를 과거로 돌려 취소할 수 없다고 판단했다. 이 처리를 되돌려 배당금 수입 과세 특례를 받으려는 경정청구도 법령상 별도 규정이나 특별한 사정이 없으면 허용될 수 없다고 봤다.

대법원은 14일 법인세경정거부처분취소 사건 판결에서 이 같은 법리를 제시했다. 법원은 2014년 1월 1일 개정 전 법인세법과 2019년 2월 12일 개정 전 시행령의 문언, 체계, 입법 취지를 종합해 비영리법인의 두 세무 처리 방식의 관계를 판단했다.

사건의 핵심은 고유목적사업 등에 쓴 돈을 준비금으로 비용 처리하는 제도와 배당금 수입을 과세소득에서 제외하는 특례 사이의 선택이었다. 대법원은 고유목적사업준비금 제도의 적용 대상이라는 사정만으로 배당금 수입 특례가 막히는 것은 아니라고 했다.

해당 준비금을 실제 비용으로 반영하지 않은 비영리 내국법인이라면 배당금 수입 특례를 적용받을 수 있다는 것이다. 시행령상 이 특례에서 제외되는 법인은 준비금을 비용에 산입하는 법인을 뜻하므로, 제도 적용 대상 여부만으로는 제외할 수 없다는 해석이다.

반면 같은 사업연도에 고유목적사업 등에 지출한 금액의 일부라도 준비금으로 실제 비용 처리했다면 결론은 달라진다. 이 경우 고유목적사업 등에 쓴 금액 중 준비금으로 반영하지 않은 부분이 남아 있더라도 배당금 수입 특례를 적용할 수 없다고 대법원은 판단했다.

준비금은 결산에 반영해 비용으로 계상한 때에만 세무상 비용으로 인정되는 항목이라는 점도 근거가 됐다. 법원은 비영리법인이 준비금을 비용 처리할지, 배당금 수입 특례를 적용할지는 해당 법인의 선택에 달려 있다고 설명했다.

다만 결산에 이미 준비금 비용 처리를 반영했다면 나중에 배당금 특례를 선택하겠다며 그 결정을 소급해 철회할 수는 없다고 봤다. 이는 결산에 따라 세무상 비용 인정 여부가 정해지는 해당 제도의 성격에 어긋난다는 판단이다.

이 원칙은 법에 따라 고유목적사업 지출액을 해당 사업연도에 계상할 준비금에서 쓴 것으로 보는 경우에도 적용된다. 이에 따라 납세자가 과거의 준비금 처리 철회를 내세워 세금을 다시 계산해 달라고 청구하는 것도 원칙적으로 불가능하다고 대법원은 밝혔다.

관련 소송 자료에 따르면 이번 사건의 원고는 한국광해관리공단의 소송을 수계한 한국광해광업공단이다. 공단에 따르면 이 기관은 광해방지와 핵심광물 공급망 지원 등 광물자원 관련 사업을 하고 있다.

공단은 핵심광물 재자원화 산업 육성을 위해 2026년 40억원을 투입할 계획이다. 2030년에는 10대 전략 핵심광물 재자원화율 20% 목표를 지원한다.