중기부·국세청, AI 중소·스타트업 2,559개사 세정지원 연계…R&D·사업화 집중 지원

중소벤처기업부와 국세청이 미래 AI 산업을 이끌 유망 AI 중소·스타트업 2,559개사를 대상으로 부처 간 연계 지원에 나선다. 두 기관은 12일 지난해 12월 체결한 업무협약의 후속조치로 이 같은 내용의 '연계형 성장지원' 방안을 발표했다. 중기부가 기술개발과 사업화, 금융, 창업, 글로벌 진출을 맡고 국세청이 세정지원을 붙이는 구조다.

중기부는 올해 AI 모델·서비스 개발과 산업현장 적용을 지원하는 20개 사업을 통해 이들 기업을 육성하고, 선정 기업 명단을 국세청과 공유했다. 지원사업에는 AI 기술개발(R&D)과 AI 응용제품 상용화, AI·AX 우대보증, AI 기반 스마트공장, 딥테크 창업지원, 글로벌 액셀러레이팅 등 성장단계별 프로그램이 폭넓게 포함됐다. 규모를 보면 창업성장기술개발사업(TIPS)에 6,684억원, 투·융자연계기술개발(R&D)에 4,570억원이 각각 배정됐고 초격차 스타트업 프로젝트 1,456억원, 글로벌기업 협업프로그램 600억원, AI 응용제품 신속 상용화 지원사업 645억원 등이 뒤를 잇는다.

국세청은 이 명단을 토대로 세정지원 대상을 확정해 2026년 10월 1일부터 2028년 2월 28일까지 지원을 집행한다. 창업 5년 이내 AI 스타트업은 정기 세무조사 선정에서 아예 빠지고, 그 밖의 AI 중소기업은 납세자 신청에 따라 정기 세무조사를 2년간 유예받는다. 지방에 소재한 기업은 유예 기간이 3년으로 늘어난다. 명백한 탈루 혐의가 없는 경우에는 신고내용 확인 대상에서도 제외된다.

세무검증 부담을 낮추는 조치도 함께 제공된다. 연구·인력개발비 세액공제 사전심사와 법인세 공제·감면 컨설팅을 우선 처리하고, 납부기한 연장과 납세담보 면제, 압류·매각 유예, 환급금 조기 지급 등으로 자금 유동성을 뒷받침한다. 홈택스에는 AI 중소기업 전용상담 서비스가 열리고 전국 세무서에 전용 상담창구도 설치된다.

이소영 중기부 장관은 "AI 산업의 경쟁력은 혁신적인 기술과 아이디어를 가진 스타트업이 얼마나 빠르게 성장할 수 있는 환경을 만들어 주느냐에 달려 있다"며 "중기부의 R&D·사업화·금융·글로벌 진출 지원과 국세청의 세정지원이 유기적으로 연결되도록 하겠다"고 밝혔다. 임광현 국세청장은 "AI 중소·스타트업이 성장 과정에서 겪는 세무상 어려움을 줄여 연구개발과 사업에 집중할 수 있는 환경을 조성하는 것이 중요하다"며 현장에서 체감할 수 있는 세정지원을 이어가겠다고 말했다.

이번 조치는 AI 스타트업이 기술개발 초기부터 우수 인재 확보와 데이터·컴퓨팅 인프라 구축에 대규모 투자를 해야 하지만 안정적인 매출을 내기까지는 상당한 시간이 걸린다는 판단에서 나왔다. 두 기관은 정부 지원사업으로 성장 가능성을 인정받은 기업이 R&D·사업화에서 성장·투자, 글로벌 진출로 이어지는 과정 전반에서 정책지원과 세정지원을 함께 받을 수 있는 기반을 마련했다고 설명했다.